สถาบันพัฒนาองค์กรชุมชน (องค์การมหาชน) มุ่งมั่นเสริมสร้างความเข้มแข็งของสังคมจากฐานราก ด้วยพลังขององค์กรชุมชนและประชาสังคมโดยที่ชุมชนเป็นแกนหลัก การมีส่วนร่วมและการกระจายอำนาจการตัดสินใจจึงเป็นสิ่งสำคัญที่สถาบันจะต้องประสานพลังจากทุกภาคส่วน การจัดโครงสร้างและกลไกการทำงานของสถาบันจึงดำเนินการอย่างสอดคล้องกันซึ่งปรากฏไว้อย่างชัดเจนในพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งสถาบันพัฒนาองค์กรชุมชน พ.ศ. 2543 และที่แก้ไขเพิ่มเติม ข้อบังคับ ตลอดจนระเบียบต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้อง ดังนี้