สถาบันพัฒนาองค์กรชุมชน (องค์การมหาชน) ตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 27 กรกฎาคม 2543 ตามพระราชกฤษฎีกาจัดตั้ง สถาบันพัฒนาองค์กรชุมชน (องค์การมหาชน) พ.ศ. 2543 เป็นองค์กรของรัฐตามพระราชบัญญัติองค์การมหาชน พ.ศ.2542 ภายใต้การกำกับดูแลของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลัง ต่อมาในเดือนตุลาคม 2545 ได้ย้ายมาอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์
การจัดตั้งสถาบันเป็นควบรวมสองหน่วยงาน
การจัดตั้งสถาบันเป็นควบรวมสองหน่วยงานคือ สำนักงานพัฒนาชุมชนเมือง(พชม.) สังกัดการเคหะแห่งชาติและกองทุนพัฒนาชนบท ซึ่งอยู่ภายใต้การกับดูแลของสำนักงานคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ
สำนักงานพัฒนาชุมชนเมือง(พชม.) เป็นหน่วยงานที่จัดตั้งขึ้นในปี2535 เป็นโครงการพิเศษภายใต้การเคหะแห่งชาติ ตามข้อเสนอของขบวนชุมชนและประชาสังคม เพื่อบริหารจัดการงบประมาณแก้ปัญหาชุมชนแออัดที่รัฐบาลให้การสนับสนุนจำนวน1,250 ล้านบาท
ระหว่างปี 2537-2543 มีการระดมความคิดเห็นจากภาคส่วนต่างๆอย่างกว้างขวางในการยกระดับพชม. เพื่อจัดตั้งองค์กรของรัฐรูปแบบพิเศษที่ทำงานพัฒนาชุมชน จนกระทั่งปี 2542 พ.ร.บ.องค์การมหาชน 2542 มีผลบังคับใช้ พอช.จึงจัดตั้งเป็นองค์การมหาชนแห่งแรกๆตามพ.ร.บ.นี้ เริ่มดำเนินการอย่างเป็นทางการในวันที่ 26 ตุลาคม 2543
