การจัดโครงสร้างการทำงานของสถาบันฯ เน้นความยืดหยุ่น คล่องตัว สามารถปรับเปลี่ยนได้อย่างรวดเร็วตามความจำเป็นของสถานการณ์ การบริหารจัดการเป็นความสัมพันธ์แบบแนวราบที่ไม่มีสายการบังคับบัญชามากนัก โดยมีคณะผู้บริหารระดับสูงกำกับดูแลภาพรวม โครงสร้างจัดเป็นกลุ่มงาน โดยในแต่ละกลุ่มงานประกอบด้วยส่วนงานต่าง ๆ ที่มีภารกิจใกล้เคียงหรือสัมพันธ์กัน เพื่อเสริมสร้างศักยภาพให้สถาบันฯ เป็นองค์กรสนับสนุนเสริมสร้างความเข้มแข็งขององค์กรชุมชนและเครือข่ายองค์กรชุมชน และเป็นเครื่องมือของภาคประชาชนในการแก้ไขปัญหาและพัฒนาชุมชนท้องถิ่นเพื่อนำไปสู่เป้าหมายร่วม “ชุมชนท้องถิ่นจัดการตนเอง” ได้อย่างมีประสิทธิภาพและประสิทธิผล เน้นการกระจายการบริหารจัดการไปที่ภาค กลุ่มจังหวัดและจังหวัด เพื่อให้ชุมชนท้องถิ่นได้มีโอกาสในการจัดการตนเองมากขึ้น
คณะผู้บริหารระดับสูง
คณะผู้บริหารระดับสูง ประกอบด้วย ผู้อำนวยการสถาบัน รองผู้อำนวยการ ผู้ช่วยผู้อำนวยการ และผู้อำนวยการภาค ร่วมกันบริหารจัดการองค์กรให้บรรลุเป้าหมาย
